液相色譜柱通常分為正相柱和反相柱。正相柱大多以硅膠為柱，或是在硅膠表面鍵合-CN,-NH3等官能團的鍵合相硅膠柱；反相柱填料主要以硅膠為基質，在其表面鍵合非極性的十八烷基官能團(ODS)稱為C18柱，其它常用的反相柱還有C8,C4,C2和苯基柱等。另外還有離子交換柱，GPC柱，聚合物填料柱等。
　　色譜柱在使用前，進行柱的性能測試，并將結果保存起來，作為今后評價柱性能變化的參考。在做柱性能測試時要按照色譜柱出廠報告中的條件進行，只有這樣，測得的結果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的樣品、流動相、柱溫等條件的差異而有所不同。
　　一、樣品的前處理
　　a、使用流動相溶解樣品。
　　b、使用預處理柱除去樣品中的強極性或與柱填料產生不可逆吸附的雜質。
　　c、使用0.45靘的過濾膜過濾除去微粒雜質。
　　二、流動相的配制
　　液相色譜柱是樣品組分在柱填料與流動相之間質量交換而達到分離的目的，因此要求流動相具備以下的特點：
　　a、流動相對樣品具有一定的溶解能力，保證樣品組分不會沉淀在柱中(或長時間保留在柱中)。
　　b、流動相與樣品不產生化學反應。
　　c、流動相的黏度要盡量小，以便得到好的分離效果；降低柱壓降，延長泵的使用壽命(可運用提高溫度的方法降低流動相的黏度)。
　　d、流動相的物化性質要與使用的檢測器相適應。如使用UV檢測器，使用對紫外吸收較低的溶劑配制。
　　e、流動相沸點不要太低，否則容易產生氣泡，導致實驗無法進行。
　　f、在流動相配制好后，一定要進行脫氣。除去溶解在流動相中的微量氣體既有利于檢測，還可以防止流動相中的微量氧與樣品發生作用。
　　三、流動相流速的選擇
　　因柱效是柱中流動相線性流速的函數，使用不同的流速可得到不同的柱效。對于一根特定的色譜柱，要追求柱效，使用流速。對內徑為4.6mm的色譜柱，流速一般選擇1ml/min，對于內徑為4.0mm柱，流速0.8ml/min為佳。
　　當選用流速時，分析時間可能延長。可采用改變流動相的洗滌強度的方法以縮短分析時間(如使用反相柱時，可適當增加甲醇或乙腈的含量)。
　　四、液相色譜柱使用注意：
　　a、含水流動相在實驗前配制，尤其是夏天使用緩沖溶液作為流動相不要過夜。防止細菌生長。
　　b、流動相要求使用0.45靘濾膜過濾，除去微粒雜質。
　　c、使用HPLC級溶劑配制流動相，使用合適的流動相可延長液相色譜柱的使用壽命，提高柱性能。